Ud over mikroskoper og petriskåle er computere et vigtigt redskab for mikrobiologer. Software til mikrobiologisk forskning inkluderer værktøjer, der anvendes af andre videnskabelige og tekniske discipliner samt specialiserede applikationer til undersøgelse af bakterier og andre mikroorganismer. Mange applikationer udviklet af regeringsorganer, nonprofitorganisationer eller akademiske forskere er tilgængelige som gratis software til download og brug, som dit eksperiment eller laboratorium kræver.
Visualiseringsværktøjer
Et fysisk eller mentalt billede af rådataene, du indsamler, kan hjælpe dig med bedre at forstå deres kvalitet, betydning og implikationer. Open source og kommerciel datavisualiseringssoftware er bredt tilgængelig til mikrobiologisk forskning. Opret diagrammer og grafer over dine data ved hjælp af LibreOffice Calc, Microsofts Excel eller Mondrian-datavisualiseringssystemet. Cell-O og RasMol applikationer hjælper dig med at oprette 2D og 3D-animerede modeller af biologisk signifikante molekyler som proteiner og aminosyrer.
Matematisk modellering
Store samlinger af mikrobiologiske data giver ofte mere meningsfuld information, når de først er blevet analyseret numerisk. MATLAB, Octave og SciPy softwarepakker, der udfører matematisk forbedring, analyse og modellering af forskernes data. Brug disse pakker til at foretage parameterestimering gennem kurvetilpasning, epidemiologiske forudsigelser, bakterievækstsimuleringer og datastøj eller eliminering af stokastisk effekt. Disse applikationer udfører også statistiske beregninger, som variansanalyse eller Chi-kvadrat-test.
Genom Bioinformatik
Microbiologiske softwareapplikationer hjælper dig også med at visualisere og udvinde information fra sekvensen af nukleinsyrer, der udgør en mikroorganismes DNA. Open Bioinformatics Foundation tilbyder gratis open source-DNA-sekventerings- og analyseanvendelser som BioJava og Biopython, der ekstraherer data fra genominformationsbanker, analyserer en organisms DNA-kode og sammenligner dem med andre DNA-prøver. Yderligere genomanalysepakker inkluderer Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package eller PHYLIP og Sequence Manipulation Suite eller SMS.
Reference software
Det hurtige tempo inden for videnskabelig opdagelse inden for mikrobiologi og skiftende regeringsregler gør det vigtigt, at mikrobiologer har let adgang til de oplysninger, der påvirker deres arbejde. HUGO er en kommerciel softwarepakke, der giver mikrobiologer aktuel information om værktøjer, kemikalier, udstyr, kulturmedier, sikkerhedskrav, nye organismer, taksonomiske ændringer og antibiotika. Derudover kan mikrobiologer, der arbejder inden for fødevarevidenskab, bruge ComBase Browser-webapplikationen til at få adgang til de fødevarerelaterede mikrobiologiske data, der leveres af regeringsorganer i Storbritannien, Australien og USA.
