Mange forskellige typer e-boglæsere er tilgængelige, og hver enhed har sine fordele og ulemper. E-bog-filer findes ligeledes i mange forskellige formater, og ingen læser kan håndtere dem alle. Kindle understøtter et stort antal eksisterende formater, enten indbygget eller med konvertering. Et par filformater kræver brug af speciel software for at være kompatibel med Kindle.
AZW: Det primære format
"AZW" -formatet bruges til e-bøger, du køber i Amazons Kindle Store. Det er det foretrukne format for at sikre maksimal læsbarhed på enheden. Formatet er proprietært og er faktisk en variant af MOBI-formatet, oprindeligt oprettet af det franske firma Mobipocket. Amazon købte Mobipocket og tilpassede formatet til brug på Kindle.
Andre indfødte formater
Kindle kan vise nogle andre e-bogformater, hvilket betyder, at disse filer kan indlæses direkte på enheden og læses på samme måde som en AZW-fil. MOBI-filer og PRC-filer (et format, der bruges på Palm) kan læses, hvis de ikke indeholder DRM-beskyttelse (Digital Rights Management). DRM begrænser typisk en bog til en enkelt læseenhed. Derudover kan Kindle håndtere almindelige tekstfiler (TXT) og Adobes PDF-format, selvom ikke alle PDF-filer vises godt på Kindle.
Tilgængelig gennem konvertering
Konvertering indebærer typisk at sende en fil til din Kindle-e-mail-adresse. Amazon siger, at det kan konvertere HTML, DOC (en Microsoft Word-fil) og de grafiske filformater JPEG, GIF, PNG og BMP. Nogle mennesker bruger nu Kindle til at læse scannede manga-tegneserier; et program kaldet Mangle giver dig mulighed for at konvertere manga, hvis det scannes til et af de grafiske filformater, der understøttes på Kindle.
Audioformater
Kindle kan afspille lydfiler. Musikfiler gemt i MP3-format er kompatible, og det samme er lydbøger fra Audible.com, som også ejes af Amazon. Disse filer er i Audible (AA) og Audible Enhanced (AAX) formater.
Ikke-understøttede formater
Det mest anvendte format, der ikke understøttes på Kindle, er EPUB open source-format, der bruges af mange andre e-læsere som Nook fra Barnes og Noble. Amazon tilføjer muligvis EPUB-kompatibilitet til Kindle; i mellemtiden kan gratis programmer som Caliber bruges til at konvertere e-bøger fra EPUB til AZW-format. Andre formater som LIT (MS Reader) og LRF (et Sony-format) kan også konverteres på denne måde. Succesen med disse konverteringer kan blive ramt og gå glip af, men de er muligheder, der er tilgængelige for Kindle-brugere.